在历史上，柯尔克孜人最早相信萨满教。大约在公元10世纪，柯尔克孜人的意识中也充满了崇拜自然神的宗教观念，主要是水神和草神。这与柯尔克孜人（当时被称为狡猾的戛斯）的畜牧业经济密切相关。
由于当时生产发展水平较低，人们无法理解和抗拒自然界中的各种自发现象（如干旱、缺水、草枯萎等），因此他们相信这些现象背后有超自然的力量，即神主宰着它们。因为水和草对人和牲畜来说太重要了，柯尔克孜人最崇拜主宰两者的神。同时，他们也崇拜大自然的其他现象。
柯尔克孜人最初崇拜图腾。著名的图腾是雪豹和鹿。柯尔克孜族世界著名作家艾特玛托夫的小说《白轮船》也讲述了与母鹿有关的故事）。此外，他们还相信“乌买”女神相信祖先和天神。他们向南祈祷，崇拜太阳，认为火星不吉利。
直到清朝，我才转信伊斯兰教，属于正统的逊尼派。柯尔克孜族的绝大多数人都相信伊斯兰教。早在16世纪中叶，他们就开始相信伊斯兰教。他们相信伊斯兰教逊尼派的哈纳菲派。礼拜寺是信徒活动的主要场所。大多数礼拜寺都建在城市里。五项教学规则：“阅读”、“拜功”、“课功”、“斋功”、“朝功”。
宗教禁忌
避免踩盐和食物。自古以来，盐和食物就被人们视为神圣的物品，因此人们认为踩盐和食物是一种巨大的罪行。此外，古代柯尔克孜人也避免穿越象征食物宝藏的餐布、牲畜绒毛摩擦的毛绳、花绳（据说狼被视为图腾，狼穿过花绳）等原始宗教禁忌习俗。
避免抱怨月亮和星星。这个家族的祖先认为星代表人的生命，是人的命星，月亮是冷神，抱怨是一种罪。
避免晚上睡觉，容易被妖魔缠身。
避免在晚上把白色的东西拿出来。因为牛奶是白色的，它是这个家庭的主要食物，所以它被视为财富、幸运和神圣的颜色。晚上从家里拿出白色的东西，这相当于拿走财富和幸福。
避免黑色，认为黑色会引起恐惧和灾难，是邪恶、黑暗和绝望的象征。因此，除了在葬礼上穿黑色衣服外，黑色在日常生活中也是禁忌。